منطقه پرواز ممنوع روایتگر داستان سه نوجوان است که در حین آماده‌شدن برای مسابقه ساخت پهپاد، با پیداشدن یک یوزپلنگ در حوالی محل زندگیشان، وارد مسائل و درگیری‌های مختلف و مهیجی می‌شوند. با این حال موضوعاتی همچون مدافعان حرم، فعالیت‌های علمی دانش‌آموزان، دستاوردهای علمی، فناوری و نظامی کشور و سایر موضوعات راهبردی نیز در بستر یک داستان برای مخاطبان به تصویر کشیده می‌شود